Йодид калия побеждает агарозу!

Если вдруг понадобится растворить агарозу, знайте, это можно с успехом сделать с помощью насыщенного раствора йодистого калия или натрия.

Рецепт приведен в замечательной книге Л.А. Остермана “ Электрофорез и ультрацентрифугирование” на стр. 155-156. В насыщенном растворе KI агароза растворяется при 37С за 45-60 мин. Если извлекается ДНК, можно ее потом очистить на колонке с гидроксиаппатитом или на стекле (хозяйке на заметку, если вдруг закончатся киты для очистки из геля!).

А @betankor нашел еще одно применение волшебным свойствам KI. У него хитрый эксперимент по выращиванию сфероидов в микролунках агарозы с последующим растягиванием клеток в полиакриламидном геле. Этот метод растягивания называется «экспансионная микроскопия». Клетки растягиваются в несколько раз и проще смотреть что там у них внутри.

1) Клетки сажаются в микро ячейки в агарозе, растут себе и образуют сфероиды
2) После того как подросли до нужного размера их красят прямо в агарозе
3) Заливается все в ПААГ
4) А потом нужно как-то заключенные в ПААГ сфероиды отковырять из агарозы. И тут ему пригодился олдскульный метод растворения агарозы в KI из Остермана. Все заливается KI и на 37С на ночь. Агароза растворяется, а клетки остаются зафиксированными и окрашенными в ПААГ. Мэджик же! Чаще сфероиды извлекают сразу из агарозы, а @betankor добавил экспансию и дубовый метод удаления агарозы.
5) Дальше цитоскелет клеток расщепляется протеиназой К, добавляется вода и от этого ПААГ набухает и все растягивается и становится удобно становится смотреть в микроскоп

Больше про эксперимент и клевые картинки с молдами и сфероидами вот тут (он вообще фанат экспансионной микроскопии).

Не входит и не выходит!

Или ужасы нашего городка - кто-то умудрился оплавить посадочный конус биохитовской пипетки. Новый день - новые способы порчи!

Спасем планету вместе!

Ребятушки-биологи, вы когда нибудь задумывались сколько носиков вы тратите каждый день в лаборатории?!

Святая Грета открыла мне глаза на многое и я решил пересмотреть свое отношение к лабораторному пластику. Меня восхитила философия Zero Waste и, мне кажется, настало время внедрить ее и в молекулярную биологию!

В основе философии Zero Waste лежат пять принципов (5R):
-Refuse (откажись от носиков),
-Reduce (сократи носики),
-Reuse (используй повторно носики),
-Recycle (перерабатывай носики),
-Rot (компостируй носики из последних сил).

Вы спросите, а как же кросс-контаминация? А я отвечу - это неважно, напротив это может привести к новым интересным открытиям. На фотографии экологичные носики, надеюсь, мне хватит до конца года.

Присоединяйтесь и энжойте от ощущения своей небывалой экологичности!

Робастный Западный блот

А если нет разницы, зачем платить больше?


На интересную статью дал наводку Валерий Зайцев @vgzaitsev! При блоте после переноса мембрану часто красят обратимым красителем Понсо красным (Ponceau S). Авторы протестировали разные концентрации красителя и пришли к выводу, что вполне можно использовать в 100 раз меньше красителя без ухудшения чувствительности:


«…неожиданно мы обнаружили, что независимо от концентрации Ponceau S (от 0,001 до 2% (w/v)), концентрации кислоты и типа кислоты (уксусная кислота, трихлоруксусная кислота и/или сульфосалициловая кислота), чувствительность обнаружения белка остается постоянной. Наиболее часто используемая концентрация Ponceau S составляет 0,1%, в то время как 0,001% (в 100 раз меньше) Ponceau S приводил к той же чувствительности обнаружения белковых полос. Мы предлагаем использовать относительно недорогой 0,01% Ponceau S в 1% растворе уксусной кислоты для нормализации общего количества белка, так как он не уступает по эффективности всем дорогим составам, которые используются в настоящее время».

Энжойте и экономьте понсо!

С днем космонавтики, друзья!
🚀🚀🚀

У нас с товарищами лабораторная традиция с 2011 года - каждое 12 апреля делаем ракету из фальконов и эппендорфок. Присоединяйтесь же и вы к движу!

Нить жизни (или нить смерти!)

Верный признак хорошего разрушения клеток E.coli - появление в пробирке «сопелек». При повреждении клеточной стенки в раствор выплывает высокомолекулярная геномная ДНК, из-за нее раствор становится очень вязким.

Поэтому перед очисткой белков необходимо осадить или порушить ДНК. Осадить можно положительно заряженным полимером полиэтиленимином (PEI), антибиотиком стрептомицин сульфатом. А порушить проще всего ультразвуком. Но лучше - ДНКазой I с магнием или бензоназой (вариант для богатых). Но ДНКаза подходит не для всех случаев. При очистке ДНК-зависимых ферментов это лишний повод для сомнений, является ли ДНКазная активность активностью исследуемого белка или это работа остатков добавленного фермента.

#пост_по_регламенту

Ну что же, Зоопарк продолжает собирать тематические папки научных и околонаучных каналов.

Встречайте - сегодня это у нас сразу две близкие по смыслу папки:

Биология

Медицина

P.S. Напомним, что мы в процессе сборки других тематических папок (см. подробности тут, химия, науки о Земле и гуманитарии уже были, остальные пока еще не выходили, так что есть шансы добавиться)

Вот и я присоединился к этой движухе с папками ТГ канала "Зоопарк из слоновой кости".

В исходном посте - ссылка на список папок ТГ каналов по биологической тематике. Про некоторые я узнал только недавно, некоторые знал и раньше.

Выбирайте по вкусу!

При гельфильтрации размер имеет значение!


А если длины колонки не хватает, можно соединить две колонки для повышения разрешения.

В биорадовской методической заметке описывается соединение двух готовых гельфильтрационных колонок Enrich SEC 650. Общая высота слоя сорбента повышается и смесь делится лучше.

За фотку спасибо Александру @Bio_golubev!

Не надо тут сравнивать эту вашу ДНК с белками!

Цитаты Льва Толстого переделывают и под нашу, лабораторную тему. В статье посвященной достижениям в области изучения белков, автор подчеркивает, что нуклеиновые кислоты все похожи, а каждый белок уникален:

Счастливые молекулярные биологи похожи друг на друга; каждый белковый химик несчастлив по-своему.

Очистка нуклеиновых кислот с их сравнительно однородным химическим составом, простыми строительными блоками и предсказуемыми структурами часто утомительна, но обычно проста. При очистке биомолекул, если вы видели одну нуклеиновую кислоту, вы видели их все. Белки с их поразительным химическим и структурным разнообразием - совсем другая история. Если вы видели один белок, вы видели один белок.

Теперь вы знаете как утешить студента, у которого белок в очередной раз не почистился!
Энжойте!

Эстетика лабораторного оборудования

Смотрите какая красота! Это pH-метр Beckman Pocket pH Meter 1956 года. Теплая ламповая pH-метрия!

Что в имени тебе моем? Ты оцени образца объем!

При электрофорезе белков, если белка в пробе мало, в лунку геля иногда нужно наносить больше, чем эта лунка вмещает. И что же делать?

Вот простые способы решения этой проблемы:

1. Общий объем пробы можно уменьшить, если использовать более концентрированный буфер для внесения, взять не 2X буфер, а 4X (есть готовый - биорадовский #1610747) или даже приготовить 6X буфер. Тогда объем пробы можно снизить, например, для 20 мкл образца нужно будет всего 3 мкл буфера, а не 20 как при использовании 2X.
2. Для полного использования объема лунок важно как наносить, лучше всего для этого подходят микрошприц Гамильтона с плоским кончиком иглы или специальные наконечники с тонким носиком. Доводите кончик до дна лунки и аккуратно наносите снизу вверх. Так помещается больше, чем просто лить сверху.
3. Метод "поджатия" - нанести образец, включить ток и дать перейти части в концентрирующий гель. Потом нанести остаток.
4. Концентрацию белка можно повысить упариванием растворителя в вакууме, в системах типа спидвака (центрифуга с вакуумом). Но надо иметь в виду, что концентрация солей тоже возрастает!
5. Еще один метод упаривания растворителя - во время нагрева пробы сверху на крышку поместить что-нибудь холодное (хладогент, банку колы). Вода легче конденсируется на крышке и объем снижается. Здесь важно подойти к делу без фанатизма, если перестараться, проба превращается в липкую замазку и наносить ее уже сложно. Ориентировочно уменьшение на 30-40% должно быть норм (от состава конечно еще зависит).
6. Концентрацию белка можно повысить и осаждением органическими растворителями, трихлоруксусной кислотой. Протоколы для осаждения приводил тут.
7. Из сложной смеси белок можно выделить иммунопреципитацей на агарозных или магнитных шариках. Но этот способ, конечно, дороже и не для всех приложений подходит.

Объемы лунок для разных гребенок для биорадовской форезной камеры Mini protean можете посмотреть вот тут.

Энжойте и пусть в лунках помещается столько, сколько нужно!

UPD. Ссылку на объемы лунок поправил

Мой лучший розыгрыш - Гонококковое 1 апреля

Весной 2014 года я работал в Государственном научном центре дерматовенерологии и косметологии в Москве. И провернул отличный розыгрыш коллег.

Что для этого понадобилось?
1) Шоколадная питательная биомасса
2) Чашка Петри
3) Скальпель и шпатель Дригальского
4) Не подозревающие ни о чем коллеги

Для культивирования возбудителя гонореи применяют шоколадный агар (среда с гемоглобином). Для пробы купил несколько вариантов шоколадной биомассы, которые подходили по консистенции и цвету. Дальше дело техники - чашка Петри, выравнивание, парафильм по краю и нанесение номеров штаммов. Получилось как настоящая. Чашку Петри с "шоколадным агаром" заложил в холодильник с едой и стал ждать реакции коллег.

Но я по ошибке положил чашку на контейнер с едой заведующего отделом КДЛ и это усилило драматизм розыгрыша. Он был в бешенстве. К счастью старшая медсестра почувствовала (!) подвох, поняла, что это розыгрыш и все обошлось.

Крутишь с благословением, потому что центрифуга Christ, но результат не очень, потому что она все равно Heraus

есть немецкие центрифуги Christ
божественный брендинг

Как центрифугу назовешь…😀

Поправь мениск!

Давным-давно ученые измеряли оптическую плотность растворов только в кюветах и горя не знали. А потом в лабораторию ворвались новые технологии - микропланшетные ридеры, а потом и бескюветные спектрофотометры.

С планшетными ридерами очень удобно работать, когда образцов много, а объемы небольшие - раскапал сразу в 96 лунки и сразу же измерил. Определение концентрации белка колориметрическими методами (Бредфорд, Лоури и т.д.) я предпочитаю делать в микропланшетах, гораздо производительнее и удобнее, чем в кюветах.

Но недостатки у микропланшетных ридеров тоже есть. Пластик для микропланшетов чаще всего имеет ограниченный диапазон пропускания, если не брать специальные дорогущие УФ-прозрачные планшеты, то в ультрафиолете и не измерить. Для эстетов есть специальные полностью кварцевые планшеты, но стоимость там запредельная (в былые времена тысяч 200 стоило, сейчас, думаю, цена вообще до небес).

Другая проблема связана с неравномерностью оптического пути из-за образования мениска в лунках. Образование мениска влияет на длину пути в лунках микропланшета и может исказить результаты измерения абсорбции и последующего расчета концентрации.

И что же делать? На сайте немецкой компании BMG, которая производит замечательные планшетные ридеры с мега-удобным софтом, есть отличный гайд про то, как бороться с менисками. Образование мениска в водных растворах может быть уменьшено путем использования микропланшетов с гидрофобной поверхностью. Можно подобрать состав жидкости так, чтобы исключить или уменьшить содержание мешающих соединений (трис, ацетат и детергенты). Или можно заполнять лунки до краев - эффект мениска возникает потому, чтоу краев жидкость подтягиваются к стенкам лунки за счет капиллярного эффекта.

Еще один способ - компенсация разности длины оптического пути по поглощению воды при 970 нм. Правда этот способ не прокатит, если, например, измерять мутность при 600 нм (это не оптическая плотность, а рассеяние света, удивительно, но иногда путают!).

Теперь вы знаете, как жить с менисками в лунках.
Энжойте!

Oldie but a goldie

Общеcтво чистых дистилляторов

При долгой работе дистиллятора в баке испарителя накапливается накипь. При запущенных случаях, как на фото, слой осадков может быть большим. Это мешает работе прибора - осадки плохо проводят тепло и есть риск перегорания ТЭНов. Для долгой и беспроблемной работы дистиллятора необходимо периодически проводить удаление накипи. Чаще всего для этого используют растворы различных кислот, ЭДТА.

Некоторые методы удаления накипи, которые рекомендуют производители дистилляторов
GFL, Lauda: 10% муравьиной, 10% уксусной кислоты - и полчаса при 70С (HCl не рекомендуют).
Листон: 2-3% лимонной кислоты на 60 мин при нагреве.
ЭКМО (дистилляторы ДЭ): только механическая очистка, без кислот и щелочей
Различные производители из США: 3-5% уксусная кислота на ночь.

Соляная кислота очень хорошо растворяет и разрыхляет отложения, но она летит, вызывает коррозию металлических деталей и небезопасная. Ее часто применяют для очистки закрытых систем и там, где объемы очень большие. Но для наших лабораторных задач лучше варианты побезопаснее.

Раньше я чистил уксусной кислотой - она дешевая, неплохо чистит, но запах нравится не всем. Поэтому в этот раз решил перейти на обработку без запаха. Лимонная кислота - не пахнет, доступна, относительно недорогая. И недавно вычитал про способ улучшения чистящих свойств лимонной кислоты - при частичной нейтрализации аммиаком. Фишка в том, что лимонная кислота помимо кислотных свойств обладает еще и хелатирующими - схватывает 1 моль ионов железа на 1 моль кислоты. Но цитрат железа плохо растворим в воде (5 г/л) и если железа в накипи много, цитрат железа сам будет выпадать в осадок. Другое дело аммонийная соль лимонной кислоты - при хелатировании железа образуется аммоний железа цитрат, растворимость в воде гораздо выше (1,2 кг/л). Такой раствор будет работать эффективнее!

Как почистили этот ужас на первом фото.
После первичной ручной очистки дистиллятора от отложений вышло полведра осадков. Для очистки приготовили 5% раствор лимонной кислоты и по лакмусовой бумаге дотитровал pH до примерно 4, ушло на 400 г лимонной кислоты 400 мл 30% аммиака (но он был старым, может и не 30% там было). Далее все залили подогретой смесью лимонной кислоты и аммиака и оставили на сутки.. На следующий день слили, промыли водой, дочистили вручную - отложения стали рыхлее и чистились легче. На тяжелых участках, обработали 2-4% HCl y минут 5 (обернув салфеткой, чтобы кислота не стекала). В результате почистили бак, не скажу что стал как новый, но главное - ТЭНы чистые.

Аммоний цитрат работает, немного пахнет нашатырным спиртом, но это запах чистоты и прогресса!

Мы сами своего рода корпорация монстров!

Польза от испорченного блота

Когда делаешь блот на пленке особенно обидно, когда он не получается. Если с экспозицией не угадал приходится тратить еще один лист, жалко!

Но в марте 2015 года ожидалось полное солнечное затмение и народ с департамента готовился заранее, кто-то нашел темное стекло, кто-то старые дискетки. А у меня был испорченный блот, пригодился-таки!

Как работали клеточные биологи в 1980х

Набор юного клеточного биолога из книги Cell culture for biochemists. Laboratory techniques in biochemistry and molecular biology, 1980.

Пластик в мире клеточной биологии начал активно появляться когда в 1974 году фирма Corning вывела на рынок полистироловую культуральную посуду. Но стекло довольно долго еще использовалось, да и до сих пор где-то используется.

Весна в разгаре, а для весеннего настроения обязательно нужен зеленый парафильм!

Психологи плохого не посоветуют!

Простые рецепты счастья в лабе
(по мотивам картинок из одного психологического канала в инсте).

Отжигай все! Господь своих сам разберет!

ПЦР на водяной тяге

Сейчас уже все привыкли к пельте-элементам в амплификаторах. Но так было не всегда! У нас в лаборатории в ИБХ долгое время работал, да и сейчас, думаю, на ходу амплификатор Techne PHC-2 без модных пельте-элементов (и без нагревающей крышки, само собой).

Как же он работал? А устройство простейшее - нагрев осуществлялся резистивным нагревателем (как на электроплитках), а охлаждение - водой при помощи циркуляционного термостата.

Да, нагрев и охлаждение производиься гораздо гораздо медленее, чем в славных биорадовских CFX96. Но зато и ломаться практически нечему! Олды рассказывали, что на предыдущей модели охлаждение было вообще от водопровода, время простейших технологий!

Вертеть все на центрифуге!

Для сброса капель с планшетов и стрипов обычно используют центрифуги со специальными роторами под планшеты.

Но если их нет - не беда, можно сколхозить девайс для из кухонных принадлежностей. Для этого понадобиться простая советская….

…ручная центрифуга для салата!

Александр из солнечного Тбилиси прислал фотку девайса, который они используют для сброса капель. Говорит, что и в Москве так применяли. Экспорт технологий, получается!

Энжойте и крутите планшеты с радостью!

Молекулярный биолог, поздравляй правильно!

Диализ еще проще

После предыдущего поста про диализ Ulka поделилась пущинскими лайфхаками в диализе. У них есть устройства, которые позволяют просто закрывать диализные мешочки с возможностью отбора проб.

Мастера предыдущей эпохи изготовили стеклянные вороночки разного диаметра на которые натягиваются диализные мешочки и уплотнительные колечки из тефлона, которые крепко закрепляют мешочки. Вся это конструкция устанавливаются в “тарелочку”, которая удерживает мешочек на стакане.

Таким способом можно отбирать пробы во время диализа и остается место на увеличение объема содержимого мешочка. Такую конструкцию успешно используют и для концентрирования образцов (например на ПЭГе).

Советские технологии в деле! Энжойте!

По мотивам Хеликоновского прикола
UPD. А Хеликон взял в Labrats!

Открываются и закрываются!

В наше время для закрытия диализных мешков часто используют специальные зажимы. В верхнем зажиме есть отверстия для закрепления мешка, а нижние зажимы часто идут с утяжелителями.

А в 1960х для закрывания диализных трубок чаще всего завязывали концы трубки узллами или толстыми нитками. Метод завязывания нитками вполне рабочий, сам часто так делаю. Но, если нужно во время диализа отбирать пробы, да еще в нескольких мешочках, то нитки усложняют работу. Кроме того, так сложнее маркировать отдельные мешочки.

В короткой заметке Дональда Таппана (Donald Tappan, 1966) автор предлагал использовать зажим Гофмана с кусочком резиновой трубочки для закрывания диализного мешочка. С помощью такого метода мешочки надежно закрываются, а когда нужно, легко открываются. И пометить отдельные мешочки проще - всего лишь закрепить бирку на зажиме.

Отдельный прикол, что другой ученый, Van Oss, в статье “The Hazards of Knotting Dialysis Bags” (1967) критикует автора за то, что он оставил второй конец мешочка завязанным узлом. Дескать, один узел протекает, нужно минимум три (представляете, такие лайфхаки еще и публиковали!). Лично мне кажется, что надежнее завязывать сложенный конец мешочка ниткой, а не завязывать узлом.

В наше время многие рабочие моменты проходят проще, но, если, что у вас есть план Б.
Энжойте!

P.S. А вот тут - лайфхак как сделать мини-диализные кассеты.

Зеленая смерть для бактерий!

При очистке и выделении белков чаще всего конечный продукт бесцветный, но среди белков встречаются и окрашенные. Например, гемоглобин (красный цвет из-за гемовой группы), разные флуоресцентные белки, такие как зеленый флуоресцентный белок, (хромофор GFP - из аминокислот образующих цикл), церрулоплазмин (синий цвет из-за меди).

Сегодняшний пример - лактопероксидаза, которая заодно почистилась, когда выделял лактоферрин из козьего молока. Очистка несложная - из молока на сепараторе удаляется жир, потом подкислением удаляются казеины и ионообменной хроматографией можно выделить лактопероксидазу.

Фермент очень интересный - это гемсодержащий гликопротеин, который обнаруживается в молоке, слюне, слезной жидкости, на слизистой оболочке дыхательных путей. Он катализирует окисление тиоцианата (SCN-) (а также йодида или бромида) перекисью водорода с образованием гипотиоцината (OSCN-) обладающего антимикробной активностью (в 500 раз более активной, чем перекись водорода). Субстрат фермента животные получают с пищей, а перекись - в том числе в результате деятельности бактерий (сами себе могилку копают, получается). Ингибирование роста или инактивация микроорганизмов происходит в результате окисления сульфгидрильных групп в ферментах и других ключевых белках, что нарушает их жизнедеятельность.

Белок довольно стабильный - выдерживает нагрев до 72С в течение 30 минут, его сейчас часто добавляют в продукты питания, для повышения срока хранения, в косметические средства - для антимикробного эффекта.

Прикол лактопероксидазы не только в природных защитных свойствах - этот белок можно использовать мечения белков по тирозинам изотопом йода-121. Попадались статьи, где его предлагали использовать в качестве ферментативной метки в ИФА.

Набить наконечники без студента!

Как известно, для того, чтобы набить наконечники для дозаторов нужны сами наконечники, коробка для наконечников и студент для набивки наконечников.

А один товарищ придумал нехитрый девайс для сортировки наконечников и облегчения их набивки. Принцип работы - на видео, скачал с замедленного ютуба. Модели для 200 мкл носиков можно скачать тут (исходно на Thingiverse были модели и для 10 мкл, но оттуда снесли).

Энжойте и набивайте носики быстро!

А приборы для горизонтального фореза делали в Курчатовском институте. Сотрудники из НИИ Вирусологии их "покупали" за спирт через дыру в заборе строго режимного учреждения.

Сами с амплификаторами!

После изобретения Кэрри Муллисом полимерзно-цепной реакции началось как бурное развитие методов молекулярной биологии, так и появление различных приборов.

Коммерческие термоциклеры появились не сразу и даже после появления поначалу они были доступны не всем. Поэтому зачастую для своих исследований ученые сами изготовляли амплификаторы.

Не остались в стороне и отечественные ученые, сегодня пост о термоциклере, который собрали в начале 1990х в Кирове.

Прибор на фото - разработка Владимира Зубова (тот самый genseq из форума сайта молбиол ру, олды помнят!).

По словам Владимира, он разрабатывал прибор со знакомым схемотехником в начале 90-х. Идея его, а разработчик - Александр Лысенко:

«В те далёкие времена я тоже изобретал амплификаторы. Но на 6 пробирок по 1...2 мкл. Пробирки делались из кусочков обычной полиэтиленовой трубки. Эти кусочки на одном конце закрывались парафиновым маслом, а второй конец одевался на микротермистор, который служил и измерителем температуры, и нагревателем. Вся электроника вместе с термисторами размещалась в коробочке из под дискет.

Этот термоциклер был назван "Термитом". Всего было изготовлено два варианта. Слева - первый, справа - второй (он же последний). Нагревались "минимикропробирки" микротермисторами со скоростью 5...6 градусов, а охлаждались самопроизвольно - 6...8 град./сек в диапазоне 80...90градусов, и от 4 до 6 град./сек при 60...80 градусах. Работоспособность была доказана на самодельных же приборах для электрофореза с микролунками и пропеллером. Этот спецприбор был назван "Карлсоном" из-за наличия микровентилятора, обеспечивающего охлаждение и циркуляцию буфера»

Интересный рассказ из истории развития молекулярной биологии!

Энжойте!

Фильтруй не отходя от кассы

На сайте стеклодувной фирмы Adams & Chittenden попалась фотка кастомной двухгорлой круглодонной колбы спаянной с воронкой Бюхнера. Как им объяснил заказчик этот девайс нужен для синтеза в атмосфере аргона с последующей фильтрацией продукта без контакта продукта с воздухом (но фильтр-то открыт, не очень понятно как этот вопрос решают).

Biorad Chemidoc MP - флуоресцентный вестерн-блот с любовью!

Электрофорез в крахмале - как это было

Как пишут в соседнем канале: ВЫШЛО! ВЫШЛО! ВЫШЛО!

Наконец доделал пост об интересном этапе развития метода разделения белков - электрофорезе в крахмальном геле. Про этот метод сейчас немногие знают, думаю, будет интересно.

Энжойте и просвещайтесь!

Нравится эта фотография, по теме дня. Брутальная наука с женским лицом!

Hexapus или шестиногий амплификатор Оливера Смитиса

В 1985 году вышла революционная статья Кэри Муллиса об изобретении полмеразно-цепной реакции. Коммерческие амплификаторы появились позднее и многие ученые придумывали свои приборы для проведения ПЦР. Об одном таком приборе я уже писал, там ПЦР проводилась в трех ванночках, но пробирки переставлять доверили роботу собранному из подручных материалов.

Оливер Смитис (Oliver Smithies), нобелевский лауреат и изобретатель метода электрофореза белков в крахмальном геле, уже в 1988 году представил свой девайс - Hexapus (шестиног), названный из-за 6 трубочек для подачи воды разной температуры.

В его амплификаторе пробирки помещались в алюминиевый держатель, температура циклично менялась путем прокачивания воды с разной температурой для денатурации, отжига и элонгации центробежным насосом из 3 термостатов объемом 28-35 л. Потоки воды контролировались клапанами под управлением простейшего таймера. Система позволяла использовать три разные температуры при ПЦР, но авторы пишут, что у них и двухстадийный режим работал достаточно хорошо. Интересно, что держатель для пробирок вмещал 96 микропробирок на 0,5 мл, так что, возможно, это был вообще первый 96 луночный амплификатор!

Как сварить яйца с космическими желтками

На этой неделе по многим каналам прошла новость про работу итальянцев, которые разработали научный метод идеальной варки яиц. Наверное читали, а если нет, то можете ознакомиться на замечательном канале белорусского химика Сергея Бесараба Lab66.

И это хороший повод вспомнить еще раз про то, что нужно сделать, чтобы получить яйца с потемневшими желтками. Пришло время повторения поста!

В садике и в школе всегда завораживали синевато-зеленые желтки сваренных вкрутую яиц, выглядили как космические объекты.

Известный факт, что при варке желток яиц меняют цвет из-за того, что H2S из белка яиц вступают в взаимодействие с ионами железа в желтке, с образованием сульфида железа FeS. Но мне всегда хотелось узнать подробности, как все происходит. Но не для того чтобы избежать этого, а наоборот, получить синеватые желтки, как в садике. Вспомнить все, в общем.

Недавно нашел статью Baker et al. 1967 года, где авторы провели много экспериментов для изучения процесса. Изучали связь изменения цвета с временем варки, температуры, времени и способа охлаждения после варки, времени хранения после до и после варки, pH, качества яиц и даже породы несушек. Ответственно подошли!

Про эксперименты почитаете в статье, а вот что нужно иметь ввиду, чтобы цвет стал космическим:

1. С увеличением pH повышается выделение H2S,а значит и изменение цвета. И тут связь с возрастом яиц - чем старше яйца, тем больше темнеет желток при варке (у белка свежих яиц pH 6, у 3 недельных 6.9)

2. Чтобы получить космические желтки лучше всего варить при 77С в течение 80 минут, при доведении до кипения и варки в течение 20 мин желтки темнеют плохо.

3. Чтобы увеличить потемнение нужно после варки охлаждать как можно дольше, при долгом охлаждении выделение H2S повышается. И наоборот, если быстро остудить в проточной воде процесс замедляется.

4. Быстрая очистка от скорлупы уменьшает потемнение, не разбивайте скорлупу сразу же после варки!

5. Но не храните сваренные яйца слишком долго - со временем FeS окисляется и цвет начинает пропадать, через 3 недели, цвет слабеет в 2,5 раза.

Теперь и вы готовы к сульфидным желткам.
Энжойте!

Когда биохимия говорила на разных языках

Мне нравится изучать историю изобретения различных лабораторных методов, особенно электрофоретического разделения белков.

Очень плодотворное время было в 1950-1960х, человечество обогатилось множеством лабораторных методов изучения белков. Некоторые из них применяются до сих пор, другие уже забыты и о них знаю только лабораторные гики вроде меня. Среди таких экзотичных ныне методов - электрофорез на пленках ацетата целлюлозы.

Решил тут прочитать первую статью британского ученого Иоахима Кона (Joachim Kohn) 1957 года с описанием метода. И с удивлением обнаружил, что заключение статьи тогда писали не только на английском, но и на французском, немецком.. и даже на русском!

Прикол же, холодная война идет вовсю, страны ощетинились танками и ракетами, а биохимики ничего - общаются и еще пишут на языке вероятного противника!

Чтобы точно не потерялись!

Андрюша - антропоморфный раскапщик

В 2014 видел на одной выставке раскапывающую машинку Andrew, выполненную в виде жалкого подобия левой руки, которая держит обычный дозатор. Мне показалось необычной конструкция, все-таки чаще делают в виде ящика, в котором туда-сюда ездит головка диспенсера.

Прогуглил, как сейчас дела у Андрюши, оказывается разработку в 2020 купил Waters и приспособил для анализа аминокислот и для других задач. Андрюша больше не нажимает на поршень сам, все дозаторы электронные, управляются через bluetooth.

Смотрит на твой эппендорф мини-спин как на игрушку

Есть еще такой монстр, который использует 200 микролитровые поликарбонатные пробирки

Самый любимый ротор со времен аспирантуры.

Почему-то именно эта фраза запомнилась из сайта Molbiol.ru.

В году так в 2002, гогда у нас в Универе появилась возможность выходить в интернет, я частенько засиживался на этом сайте. Тогда в компьютерном зале библиотеки давали 2 часа на серфинг (да, было такое время, когда инет был труднодоступен!).

А сегодня зашел на сайт, а сайт оказывается больше не работает, такие дела.

Upd. Уф, оказывается работает, похоже у меня на телефоне с настройками что-то не так. Сорри за панику!

Сколько белка на аффинном сорбенте?

При синтезе аффинных сорбентов полезно не только удостовериться, что белок иммобилизовался на шариках, но и определить сколько именно село.

Часто в протоколах приводят метод определениях концентрации лиганда путем измерения его содержания в исходном растворе и в проскоке после иммобилизации. Но мне кажется, так не совсем точно, часть белка остается в порах и уходит при промывке, а там белок разбавленный, толком не измеришь.

Но есть интересный способ определения концентрации иммобилизованного белка методом прямой спектрофотометрии сорбента.

Для этого нужно налить в кювету 100% глицерин, суспендировать небольшое количество промытого и подсушенного на фильтре сорбента с иммобилизованным белком. Перемешивать нужно аккуратно, чтобы не попали пузырьки воздуха. Глицерин предотвращает осаждение частиц и облегчает измерение.

Потом остается измерить поглощение при 280 нм против взвеси сорбента без белка. Вообще, можно еще и калибровочную кривую сделать, добавляя известное количество белка к суспензии исходного сорбента.

В литературе олды пишут еще про полиэтиленгликоголь и другие оптически прозрачные вязкие жидкости (концентрированный раствор сахарозы, этиленгликоль), но я только с глицерином делал.

Энжойте!

Настольные книги. Аналитическая химия

Кристиан Г. - Аналитическая химия (2009). Очень полезная книга, особенно для начинающих биологов. В России издается в виде двухтомника, оба тома клевые.

В этой книге описываются основные понятия аналитической химии, автор пишет про качественный и количественный анализ. Что полезно юным падаванам - отличный раздел про то, как правильно готовить растворы, рассчитывать погрешности и калибровать мерную посуду. И что особенно интересно - описание принципа работы основных лабораторных приборов и различных рутинных методов. Думаю это будет особенно полезно биологам (сейчас не знаю, но у нас раньше этому недостаточно уделялось внимание).

Энжойте и просвещайтесь!

В День студентов можно вспомнить как раньше поощряли отличников😁

Педагогические приемы, которые мы потеряли