💰 Новая технология, которая делает геномные исследования доступными для всех!
🇨
🇳 Low-pass секвенирование — это крут
ая технология, которая делает геномные исследования в сельском хозяйстве более доступными и эффективными. Она помогает быстро находить известные генетические варианты, что обеспечивает селекцию растений и животных.
🧰Почему это популярно и важно?
💰 Доступно: Эта технология стоит дешевле, чем традиционные методы, поэтому её могут использовать как фермеры, так и ученые.
⚡️ Скорость: С ней можно быстро обрабатывать много образцов, что особенно полезно для крупных полевых проектов.
📊 Больше информации: Low-pass секвенирование дает больше данных в популяции с ущербом в сторону точности (0,5-5х покрытие), чем обычные геномные техники.
⏱️ Быстрые результаты: Рабочий процесс настроен так, чтобы получать результаты быстро, что помогает принимать решения в селекции сегодня и сейчас.
🔍 Точность: Предварительный прогноз о генах и селекционных признаках.
🚜Как это используется в сельском хозяйстве?
🐄 Селекция скота: Помогает селекционерам находить нужные признаки у животных на ранних стадиях, обязательно используя феном, иммуном, референт и повышая эффективность работы.
🌾 Устойчивость: Метод выявляет известные варианты генов, связанные с устойчивостью к болезням или повышенной продуктивностью.
🔬 Научные исследования: Используется в проектах, изучающих важные селекционные признаки у животных.
🌇Будущее на горизонте
🍽 Продовольственная безопасность: С учетом роста мирового спроса на продукты питания, Low-pass секвенирование может помочь увеличить темпы роста производства.
🌍 Экологичность: Эта технология помогает создавать новые породы, которые лучше справляются с вызовом промышленности и изменениями климата.
📈 Широкое применение: Ожидается, что она станет новым стандартом в агрогеномике, полезным как для крупных, так и для мелких хозяйств.
⚖️Сравнение с другими методами
♠️Low-pass секвенирование
➕Плюсы:
Дешево и сердито.
Быстро обрабатывает много образ
цов.
Позволяет выявлять только основные и ранее известные генетические вариации.
➖Минусы:
Низкая точность для новых генов.
Требует сложных методов импутации (биоинформатики и статистики) для точного анализа, обязательно нужны хорошие и актуальные референты типичных пород и подробные данные фенома.
Не подходит для анализа структурных измене
ний генома.
♣️Секвенирование 5x
➕Плюсы:
Более доступно, чуть дороже и чуть дольше, но дает достаточно информации.
Отличное качество прочтения генома, наилучшим образом подходит для полевых исследований, особенно при работе с генофондом.
Легко и быстро определяет новые генетические варианты.
Не нужно предугадывать варианты, не нужна импутация. простая сборка геномов, нужны только свои референты геномов прочитанные на высокой плотности секвенирования 30х для каждой породы отдельно.
➖Минусы:
Все еще может быть неточным для редких вариантов.
Дольше по времени, чем Low-pass секвенирование.
♦️Секвенирование целевое
➕Плюсы:
Очень недорого
доступно, уже использовалось в геномике КРС, дешевле 5х и чуть быстрее, но дает информацию по нужным областям генома.
Легко и быстро определяет заданные генетиче
ские варианты, пригоде
н для ко
нтроля генного редактирования CRISPR.
Очень простая биоинформатика, но нужен хороший референт для исследуемой группы животных и типичные контрольные генотипы.
➖Минусы:
Считает только определенные гены, не видит весь геном.
Быстрее по времени, точнее, но менее информативно, чем 5х секвенирование.
♥️Секвенирование 30x
➕Плюсы:
Долго, очень высокая точность, включая поиск редкие вариантов по здоровью и продуктивности.
Позволяет глубокий анализ генов.
➖Минусы:
Дорого и все таки, не быстро, но зато по биоинформатике нет сложностей, никаких сложных моделей импутации и прогноза вариантов.
Много времени для подготовки и секвенирования.
Выбор между Low-pass, 5x и 30x секвенированием зависит от целей и бюджета. Low-pas секвенирование идеально подходит для п
редварительных исследований, а 5x и
30x лучше для регул
ярного анализа геномов. 🌟
#АгроГен #геномика
#АгроБиотех
☑️ Подписаться