Накануне войны в экспозиции музея находилось около 400 произведений живописи, 100 гравюр, 90 скульптур. Штат сотрудников музея составлял 11 человек.
С началом Великой Отечественной войны музей в спешном порядке подготовил выставку «Героическое прошлое нашей Родины».
Осенью 1941 фашистские войска почти вплотную подошли к Серпухову. Серпухову грозила оккупация. Музей был закрыт, вещи подготовлены к эвакуации. Но транспортного обеспечения не было, эвакуация не состоялась, музей оказался брошенным на произвол судьбы. 13 октября 1941 года директор музея С. И. Аристов покидает город Серпухов, возлагая обязанности по руководству музеем на Агриппину Степановну Иванову, работающую до этого библиотекарем. Иванова, опасаясь захвата Серпухова немцам и разгрома ими музея, в целях сохранения музейных ценностей раздала их сотрудникам, проживавшим по соседству.
К юбилею Победы в Великой отечественной войне Серпуховский музей готовит выставочный проект «Военная медицина», на который мы с радостью приглашаем вас уже 30 апреля!