В 1894 году Репин, уже получивший к тому времени звание профессора живописи, вернулся в Академию художеств в качестве руководителя живописной мастерской.
Отзывы о педагогических методах Ильи Ефимовича были разными. Ученик художника Игорь Грабарь отзывался о своём мастере парадоксально: «Репин был плохим педагогом, но великим учителем».
По словам художника Якова Минченкова, как профессор Академии Илья Ефимович «был притягательной силой для молодёжи» — не случайно в его мастерскую пытались попасть воспитанники многих художественных школ России.
Помня о том, что ученичество — это для многих молодых людей сложный «финансовый период», руководитель мастерской устраивал своих питомцев в издательства в качестве иллюстраторов, давал им рекомендации для участия в оплачиваемых художественных проектах.
В разные годы в мастерской Репина занимались такие художники, как Филипп Малявин, Дмитрий Кардовский, Борис Кустодиев, Анна Остроумова-Лебедева, Иегошуа Шлуглейт, Дмитрий Щербиновский, Иван Билибин, Николай Фешин и другие.
В 1905 году разногласия с коллегами заставили Илью Ефимовича подать прошение об увольнении.
9 января 1905 года из окон Академии Валентин Серов увидел страшное.
Это было Кровавое воскресенье. День, когда шествие петербургских рабочих к Зимнему дворцу было агрессивно встречено солдатами. Разгон шествия при помощи огнестрельного оружия повлёк за собой гибель более сотни людей.
В своих дневниках Валентин Серов писал:
"То, что пришлось видеть мне из окон Академии художеств 9 января, не забуду никогда. Сдержанная, величественная, безоружная толпа, идущая навстречу кавалерийским атакам и ружейному прицелу.."
Увиденное произвело на Серова столь сильное впечатление, что он решил навсегда покинуть Академию, поскольку её президентом был один из распорядителей разгона демонстрации — великий князь Владимир Александрович.
Увиденное побудило художника к созданию двух работ:
1 "Солдатушки, бравы ребятушки, где же ваша слава?", которую начал писать прямо "с натуры" 9 января
2 "Разгон демонстрации казаками в 1905 году".
Вместе с Поленовым Серов подготовил письмо, адресованное совету Академии, в котором напомнил, что «лицо, имеющее высшее руководительство над этими войсками, стоит во главе Академии художеств». Когда составители письма обратились к Репину с предложением поставить под текстом свою подпись, тот отказался, заметив, что великий князь не мог предвидеть, как развернутся события.
В январе «по желанию учеников» Академию временно закрыли. Репин отреагировал на происходящее вопросом: «Что можем мы „в годину бедствий и позора!?“» В сентябре он уехал в Италию, а по возвращении написал прошение об отставке. В декабре прошение было удовлетворено, но уже в апреле 1906 года Илья Ефимович по просьбе коллег вернулся обратно.
Окончательное расставание с Академией произошло в 1907 году. По данным исследователей, несмотря на активную деятельность репинской мастерской, между художниками и его питомцами постепенно нарастало отчуждение. Так, ученик Репина Гавриил Горелов утверждал, что накануне отставки в академической чайной, где любили собираться мастер и его воспитанники, произошёл неприятный диалог между Ильёй Ефимовичем и Константином Лепиловым, выразившим недовольство тем, что многие начинающие живописцы, придя в Академию, разочаровываются в своём выборе. Другой упрёк прозвучал от Николая Верхотурова, заметившего, что иные профессора живут в огромных квартирах, тогда как у их питомцев порой не хватает денег даже на обед. После этой беседы Репин написал второе прошение, сдал квартиру, полученную от Академии, и уехал к Толстому в Ясную Поляну. В заявлении на имя президента Академии Илья Ефимович указал, что побудительной причиной, заставляющей его отказаться от должности руководителя мастерской, является «малое время, остающееся для собственных работ». Часть учеников отправилась следом, однако их попытки вернуть мастера оказались безуспешными.