Простите, не удержусь, это слишком хорошо.

Ну то есть ситуация очень понятная, и я тоже не знаю, что с этим делать.

По поводу Ctrl+F в блокноте - таким способом была обнаружена ранее неизвестная фаговая РНК-полимераза, которая настолько не похожа на ранее известные, что на момент исследования не находилась даже чувствительными тулами для поиска по профилям:
https://www.nature.com/articles/s41467-023-44630-z

Ну правда там использовался не блокнот, а что-то более продвинутое и поддерживающее регулярные выражения, ну в общем искалась триада DxDxD

https://t.me/fireflylovesyou/4960

https://t.me/Tardiy_studies/537

В этой работе есть один момент, за который мне в каком-то смысле стыдно. Для детекции сайтов расщепления РНК я решил использовать самый простой и тупой метод - я просто картировал транскрипты на референс, посчитал число картированных 5' концов этих транскриптов на каждую нуклеотидную позицию каждой цепи и потом сравнивал эти значения между targeting/nontargeting образцами. Для этого сравнения решил использовать пакет edgeR, который разработан для анализа дифференциальной экспрессии генов. Анализ дифф. экспрессии это вообще особая область науки, в которой я не смог толком разобраться. Не могу сказать, что я не пытался в этом разобраться, но, в общем, дальше просмотра роликов на stat quest не пошло, и я толком не понимаю, как этот edgeR работает, и у меня есть подозрение, что для моих данных этот метод вообще не очень подходит.

В общем, этот статистический тест выдал мне таблицу со значениями log fold change и p-value; проблема в том, что эти p-value были очень низкими, типа десять в степени минус сто, или что-то в таком роде. Я знаю, что есть такая вещь, как поправка на множественное сравнение, но применение этой поправки картину не меняло. Пока я сидел и во всем этом разбирался, случайно наткнулся на тред какого-то биоинформатика в твиттере, который запостил скриншот volcano plot из какой-то статьи, где вот тоже были значения типа 10^-200, и сопроводил этот скриншот словами "человек, который делал этот анализ, вообще ничего не смыслит в computational biology, такие низкие значения p-value явный признак batch эффектов или искажений другого рода, статью следует немедленно ретрактнуть, а человека, который делал анализ, гнать из науки поганой метлой".
Мне от этого треда, признаться, аж поплохело. Я пытался получить каких-то советов от биоинформатиков или людей, сведущих в математике и статистике, но, в общем, ничего хорошего из этого не вышло. Отчасти это связано с тем, что биологи не понимают статистики, а математики не понимают биологии. Когда-то я получал очень ценные консультации от П. Мазина, но он к тому моменту давно уже уехал, и мне как-то неловко было его беспокоить. Я пытался найти примеры работ, где делали анализы похожего рода, но там все было еще хуже - что-то из серии "будем считать разницу значимой, если количество картированных родов больше десяти, а разница больше чем в три раза". В итоге я на это плюнул - в конце концов, предсказанные сайты расщепления РНК подтверждались экспериментальными методами, и эти результаты воспроизводились. В качестве отсечки я решил взять первые сто предсказанных сайтов, ранжированных по p-value. Я опасался, что рецензенты к этим данным могут придраться, но по части анализа ни у кого из них вопросов не было.

Может быть, когда-нибудь я узнаю, "как надо было делать", но не уверен. Может быть, увижу в твиттере какой-нибудь тред, в котором скриншоты из статьи будут сопровождаться подписью "эти дегенераты совсем охуели" - это вполне вероятно.

Вообще во время курса ММБ на биофаке я столкнулся с тем, что у меня очень плохо с абстрактным мышлением. Слушаешь вот все эти телеги, проиллюстрированные примерами с киданием монеток или вытаскиванием шариков из мешка, и вроде бы что-то даже понятно, но перенести это понимание на другой субстрат очень тяжело. В общем-то это означает, что понимание отсутствует.

Похожую штуку проделали с пуромицином - сделали вариант, который можно активировать/деактивировать светом.

10.1021/jacs.2c07374

#читаювсякоеговно

На одной конференции у меня спросили - а почему у вас на аннотации вирусного генома вот этот белок обозначен как структурный? Вы что, структуру вирионов определяли? Нет, отвечаю я, просто этот белок похож на белок другого вируса, и для этого гомолога было показано, что это структурный белок. Так, отвечают мне, ну то есть вы не видели этот белок в структуре вашего вируса. Вот и не говорите тогда, что он структурный. Или хотя бы говорите putative structural protein.

Вообще говоря, в том контексте это замечание было справедливым. Но я сильно задумался после этого. Ведь это рассуждение можно распространить и дальше. Скажем, вы видите в геноме какого-то организма белок, у которого последовательность на 70% сходна с последовательностью белка, который охарактеризован как какая-нибудь гидролаза. Можно ли утверждать, что этот белок в вашем организме это гидролаза? Вы же его не выделяли и не исследовали его активность, значит, вы не можете сказать, что это гидролаза. Можно пойти еще дальше - даже если известно, что белок ин витро работает как гидролаза, не факт, что у него в клетке проявляется такая активность. Уверен, можно найти много примеров белков, у которые сначала охарактеризовали ин витро, а потом оказалось, что что их активность в клетке существенно отличалась от той, что наблюдалась в пробирке. Таким образом, о функции белка вообще невозможно говорить.

Знаете, все-таки эта статья может ободрить и вернуть некоторую часть веры в себя. Если вам кажется, что ваша научная работа полная чепуха, или что заявка на грант, которую вы пишете, выглядит так жалко, что никто ее не одобрит, можно взглянуть вот на это:

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29802984/

Есть такое выражение - "настолько плохо, что уже хорошо", - и я думаю, что это выражение очень хорошо подходит к этой работе. Здесь прекрасен и замысел, и обоснование, и бэкроним. Бэкроним особенно прекрасен. Вообще эти бэкронимы в научной среде уже давно дошли до какого-то полного абсурда, и тут этот абсурд представлен в чистом, рафинированном виде.

За наводку спасибо @rieile

Читаю дрянь всякую, разные мутные статьи. Есть и хорошие статьи, которые стоило бы читать, но я их не читаю.

Наткнулся на описание странной питательной среды для бактерий, в состав которой входит экстракт корня лотоса. Для меня это выглядит как что-то вроде соплей девственницы и волос единорога, но авторы китайцы, для них, наверное, корень лотоса это как для нас какой-нибудь кабачок. В принципе почему бы и нет, пишут, что корень лотоса крахмалистый. Видел, в состав некоторых сред входит картофельный отвар, и ничего.
Почему бы и не экстракт лотоса.

Я тут внезапно понял чем на самом деле занимались Квинтяне (инопланетные жители в фантастическом романе Станислава Лема "Фиаско"), которые заполонили эфир планеты белым шумом огромной мощности и заглушив им все частоты радиодиапазона.

Они майнили Биткойны.

В творчестве Лема открываются новые грани.
Да, скорее всего, ровно так и было.

Очень устала, хочу тренд на популяризацию диагностики задержки умственного развития средней тяжести у взрослых. Всякие популяризующие видео на ютубе, подкасты, интервью, громкие заявления от кого-то кого вы давно знали, что наконец-то они обрели свой диагноз и все встало на свои места, они смогли получить доступ к помощи и даже наладили общение с семьей, ранее упрекавшей их в лени и неорганизованности. Даже ваш самый мотивированный но странноватый друг внезапно запостит у себя в постыдном канальчике для друзей или в карусели инстаграмма признание, что несмотря на то, что он окончил университет и сейчас успешно работает - это только компенсационные механизмы, за которыми было сложно распознать истинное положение дел. У людей с растройством интеллектуального развития (новое название в МКБ 11, введеное взаимен стигматизирующего "умственная отсталась" из МКБ 10) просто принципиально иначе работает мозг - это не заболевание, а нейронетипичность, требующая аккомодации, а не лечения. Люди с РИР воспринимают мир иначе в когнитивной плоскости. Часто им нужен дополнительный ассистент или нетравмирующий язык или специально адаптированное описание задачи, чтобы лучше справиться с выполнением.
Или вот еще идея - выпуск программы о людях с РИР. "То что вы не видете как мне сложно - не означает, что я не испытываю проблем в ежедневной жизни, мне гораздо сложнее чем вам, я плохо реагирую на отвлекающие громкие звуки, обилие людей в помещении, но я привыкла к напряжении и когнитивным усилиям. Вы легко можете не замечать человека с РИР вокруг вас, диагностировать это может только врач" - в приятном приглушенном свете на ровном фоне девушка с phd рассказывает о своем опыте жизни человека с РИР. Речь идет о том как долго была стигматизирована эта тема, и не многие могли решиться сказать о себе такое. Сейчас есть потрясающий тренд повышения осведомленности и диагностики. В какой-то момент врачи обратили внимание, что многие дети и взрослые лучше справляются с задачей если предоставить им больше времени и объяснить им ее подробнее. Более того, было отмечено, что таким пациентам помогало снижение когнитивной нагрузки и рабочего времени. "Я действительно просто почувствовал себя собой после того как получил диагноз" объясняет юноша. Эти симптомы привели к пониманию РИР как более широкого спектра, чем рассматривалось ранее. Показывают ребенка с трудом управляющимся с речью и пытающегося просунуть квадрат в кружок - "мы видим, что пациенты с РИР - действительно отличаются от нас, мы не можем вылечить РИР, это нельзя назвать болезнью, но мы должны понимать, что это не ограничение, а возможности взглянуть на мир с иного восприятия". Важно также понять, что повышенное цифровое потребление и фокусировка на простых ярких символах - симптом, а не причина. Снова показывают детей, неловко управляющихся ложкой. Очевидно понимать, что это мультифакторное врожденное отличие развития, а не приобретенные симптомы. Показывают группу общающихся студентов - люди с РИР легче распознают друг друга, и важно слушать их мнение. Студент говорит - "Я думал, что со мной что-то не так, потому что не мог понять матанализ, но оказалось это мискалькулия - частое коморбидное с РИР состояние, я принял себя, и в целом математика мне сложно давалась с самого начала".
В конце все хлопают друг другу и рассказывают о группах поддержки для поздно диагностированных людей с РИР. В описании ссылки на одобренные ВОЗ тесты и шкалы оценки интеллектуального развития.
Не занимайтесь самодиагностикой - обратитесь с обнаруженными симптомами к специалисту.

Узнал, что есть популярный способ удаления пеньков с помощью селитры. Если пропитать пенек селитрой, то во влажных условиях он сгнивает за несколько недель.

Не задумывался об этом в ключе того, насколько грибам важен азот. Так-то деревяшки могут годами гнить.

https://lineagetreecare.com/tree-service/how-to-rot-tree-stumps-quickly/

Я думал, что мышьяксодержащие препараты уже давным-давно не применяются, за редкими и экзотическими исключениями. Но вот, оказывается, в России продаются (или, по крайней мере, до недавнего времени продавались) вагинальные свечи с ацетарсолом.

https://www.rlsnet.ru/drugs/osarbon-4691

#таксебефакт

Глубоко.

Следить за тем, как открывают новые посттрансляционные модификации белков, в принципе интересно. Вот тут пишут, что нашли модификацию витамином C - он ацилирует аминогруппу остатка лизина, и это может какую-то роль в иммунитете играть.

Есть очень большой и обоснованный дроч на модификации гистоновых белков. Казалось бы, там уже все должно быть исследовано вдоль и поперек, и все равно что-то находят. Помнится, относительно недавно нашли модификации гистонов серотонином и дофамином. Может, еще вдобавок модификации аскорбиновой кислотой найдут.

https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(25)00145-X

#читаювсякоеговно

Увидел тут упоминание т. н. экспансионной микроскопии в этом очень любопытном посте:
https://t.me/biochemtales/1092

Вспомнил, что вот тот чувак, который исследует I. hospitalis (забыл, как его зовут, помню только, что он, кажется, он из Регенсбурга) как раз использует такой подход, в общем, как-то сплющивает клетки, что они сильно растягиваются. У I. hospitalis очень мелкие клетки, на них ничего нельзя толком увидеть на световой микроскопии.

Нащупываю у себя на голове какие-то прыщи и расковыриваю их до крови. Интересно получается.

Хочется опубликовать результаты этих исследований в каком-нибудь рецензируемом журнале. Есть идеи, куда подаваться?

Уважаемые подписчики с доступом к статьям из Science, можете вот эту статью pdf-кой в ЛС прислать, пожалуйста?
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adp2433

Говорят, Василий Попков хочет проделывать то же самое и с людьми.

Нормальная тема. Я бывал на этой конференции, было неплохо вообще.

https://t.me/metagenomicslaboratory/217

На любопытный канал наткнулся. Вообще приятно, что в МФТИ живая наука есть.

В журнале Science Advances вышла наша работа про миниатюрный родопсин (протонный насос) из Actinomarina minuta. Белок очень хорошо кристаллизуется, и нам удалось поймать в кристаллах разные состояния.

Оказывается, что изменения его структуры можно представить как движение двух жестких суб-доменов друг относительно друга: в одном положении внутренность белка открыта в цитоплазму, в другом - во внеклеточное пространство. На английском это обычно называют alternative access mechanism.

Поглощение фотонов ретиналем приводит к изменению доступности Шиффова основания, и в конечном счете переносу протона через мембрану.

Ссылка на публикацию:
https://doi.org/10.1126/sciadv.adu5303

Случайно узнал, что его фамилия, Klug, буквально означает «умный». Ну, да, так и есть. Впрочем, такое, наверное, будет работать только с ашкеназами. Если русскому ребенку дать фамилию Умник, то он вряд ли станет от этого умнее. Скорее всего, это приведет лишь к тому, что в школе этого ребенка будут бить чуть чаще других.

Да, это реально очень полезный сервис. Понятно, что можно самому что-нибудь склепать на коленке из базы данных GTDB и fastANI, но вот чем дольше я живу, тем больше понимаю, что, чем меньше в моей жизни линукса, командной строки, писания скриптов и прочей красноглазой хуйни, там лучше мне живется. Еще немного, и я начну Excel осваивать.

https://t.me/fireflylovesyou/4909

#ствижженое #WUT


Trevor Campbell
@TrevorCampbell_
There are so many weird Biology quirks that I somehow missed before and am only just finding now...

Apparently translation can and *does* initiate from EVERY codon

With the caveat that any codon other than the canonical AUG / GUG / UUG options induce transcription at such wildly inefficient rates that they are nearly undetectable

But they DO happen 🤯

I wonder what weird and rare products might be floating around in our bodies, some of which might even be really important

https://academic.oup.com/nar/article/45/7/3615/2990259?login=false

Из того же источника узнал про старую (1981 г) книжку "Жизнь микробов в экстремальных условиях"; конечно, за 40 лет в этой области представления, скорее всего, сильно поменялось, но тем интереснее читать. Знаю, что на этот канал подписан по крайней мере один извращенец, которого заинтересует такая литература.

Евгений Левитин реально кладезь мудрости, как по мне. Вот в свои тридцать лет я узнал о природе такого яркого окраса у ивовых ветвей по весне.

Весной, еще до распускания листьев, во время фотосинтеза. происходящего прямо в коре молодых ветвей, ива накапливает жиры, вероятно потому, что накопление крахмала требует нормального сокодвижения и развертывания листьев). А отрицательная температура этому препятствует. Жировые капли в клетках и тилакоиды хлоропластов накапливают огромное количество каротиноидов и родственных терпенов, окрашивая ветки в очень яркие желто-оранжево-красные оттенки. В этом году, вследствие размазанной весны, эффект слабее, но все равно краски впечатляют.

Уважаемые коллеги из заокраинного запада, у кого есть доступ к статье, скиньте, пожалуйста в ЛС. Я не сука, не стукач, делиться ни с кем не буду, в нексус выкладывать не стану.

https://www.nature.com/articles/s41586-025-08649-0

Впрочем, кадмиевая ангидраза все равно круче
https://www.nature.com/articles/nature06636

Мне нравятся такие штуки, когда какие-нибудь странные металлы в ферментах используются.

Какую только дрянь люди не придумают. Вот придумали нейролептиками дышать. Интересно, как по ощущениям эту пудру вдыхать? Наверное, пиздец.

https://adasuve.com/

Узнал, что существуют ферменты, для активности которых требуются ионы редкоземельных металлов. Как я понял, пока что все, или, по крайней мере, практически все известные лантаноид-зависимые ферменты - это алкогольдегидрогеназы. Такие дегидрогеназы бывают, например, у метилотрофных бактерий, которые используют эти ферменты для окисления метанола. Вот в этой статье неплохое введение в тему, как мне кажется:

https://academic.oup.com/ismej/article/19/1/wraf057/8090547

#читаювсякоеговно